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KEGG
2024/4/12 9:07:54
专治疗懒病:GO、KEGG富集分析一体函数
之前我们写过GO、KEGG的富集分析,参见:补充更新:GO、KEGG(批量分组)分析及可视化。演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统…
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GO、KEGG(批量分组)分析及可视化
这篇帖子其实是更新、补充、解决一下问题的。我们号写过很多GO、KEGG富集分析的可视化,数不胜数,可以在公众号检索“富集”了解更多。我们演示的时候都是直接提供了富集的结果文件,一般演示为了图方便,也是利用在线工具cytoscape做…
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【PaperReading】科学可重复的基因组富集: CERNO 与其他八种算法的比较
Gene set enrichment for reproducible science: comparison of CERNO and eight other algorithms 可重复性科学的基因组富集: CERNO 与其他八种算法的比较1. 引言2. 材料和方法2.1 CERNO算法2.2 进一步用于评估的算法2.3 数据集2.4 算法评估指标3. 结果3.1 CERNO算法的不同排…
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使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法
使用enrichKEGG做通路富集分析时,一直报错:显示No gene can be mapped....k <- enrichKEGG(gene gene, organism "hsa", pvalueCutoff 1, qvalueCutoff 1)但是之前用同样的基因做分析是能够成功地富集到通路,即便是网上的数据…
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R语言图形绘制 | 桑基图绘制教程
原文链接:R语言绘制桑基图教程 写在前面 在昨天3月10日,我们在知乎、B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。相关链接:NC|高颜值功能富集桑基气泡图,桑基气泡组合图。 确实,目前这个图在文章中出现的频率相对比较…
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生物信息学 GO、KEGG
文章目录 北大基因本体论分子通路KEGGGO注释分子通路鉴定 关于同源 相似性 b站链接:北大课程 概述了当前生物信息学领域中几个重要的概念和工具,介绍基因本体论(Gene Ontology, GO)、分子通路知识库KEGG(Kyoto Encyclo…
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