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生物信息
2024/4/11 21:24:27
文章系列2：Unraveling the functional dark matter through global metagenomics
这篇文章发布于2023年10月nature。通讯作者是来自于 DOE Joint Genome Institute, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA.
背景介绍&目标
作者首先背景介绍了两种主流宏基因组分析方法，包括reads-based reference mapping（eg…
单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记
单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记 单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？ 该笔记来源于 Costa Lab - Bioinformatics Course
另一篇关于scRNA-seq的请移步
单细胞ATAC测序前言
因为我的最终目的是scATAC-seq的数据，所以这部分只是分享下我刚学…
【Regulatory Genomics】Part2 BPNet、DeepLIFT
文章目录 Deep learning at base-resolution reveals cis-regulatory motif syntaxproblemBPNet: predicting base-resolution profiles from DNA sequenceInterpreting the predictions of BPNet1 DeepLIFT2 TF-MoDISCO3 motif syntax derived TF cooperativity Experimental …
生物信息学 GO、KEGG
文章目录 北大基因本体论分子通路KEGGGO注释分子通路鉴定 关于同源 相似性 b站链接：北大课程 概述了当前生物信息学领域中几个重要的概念和工具，介绍基因本体论（Gene Ontology, GO）、分子通路知识库KEGG（Kyoto Encyclo…
基因组坐标系统的 0-based 和 1-based（图文详解）
基因组坐标中的 “0-based” 和 “1-based” 是两种不同的规范，用于表示基因组上的位置。 它们在不同的上下文和文件格式中可能会有不同的使用方式。 下面我们聊聊它们间的区别和应用：
一、0-based
也叫做 zero-based half-open
示例
start0…
【RNA biology】RNA的多功能性与早期生命进化
文章目录 RNARNA plays core functions in Central Dogma of BiologyrRNAsnRNA RNA worldReplication催化作用感知环境变化并作出响应 来自Manolis Kellis教授（MIT计算生物学主任）的课 油管链接：6.047/6.878 Lecture 7 - RNA folding, RNA wo…
Ka/Ks介绍和分析
什么是Ka/Ks?
在遗传学中，Ka/Ks表示的是两个蛋白编码基因的非同义替换率（Ka）和同义替换率（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
如果你手头有两个不同物种的同一个基因的序列…
捕获 rdkit 警告
rdkit 是一个神奇的 python 包。它的函数主体部分是 C 写的，python 仅仅提供接口。具体到日志模块，rdkit python 中看不到源码，官方只是提供了一些函数接口供调用。
较常见的场景：
slience warnings:
from rdkit.rdBase import…
1月下半笔记（个人向）
最近才开始看d2l（这种东西早该在两年前看的，拖到现在了）
为了做项目还得学一手OpenGL（被windows安装GLFW逼疯了）
1.15
打完ICPC EC final回来，也许可以出一篇博客写下简单的题解。
对蛋白质相似空间子结…
BioPython ② | 面向对象编程Object Oriented Programming
BioPython ② | Python面向对象编程
题目要求
定义分子类（Molecule）作为基类，包含集合elements和weight作为其属性，用初始化函数，将elements初始化为空集，weight初始化为None；定义show_weight…
【RNA structures】RNA-seq 分析: RNA转录的重构和前沿测序技术
文章目录 RNA转录重建1 先简单介绍一下测序相关技术2 Map to Genome Methods2.1 Step1 Mapping reads to the genome2.2 Step2 Deal with spliced reads2.3 Step 3 Resolve individual transcripts and their expression levels 3 Align-de-novo approaches3.1 Step 1: Generat…
【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术
文章目录 RNA转录重建1 先简单介绍一下测序相关技术2 Map to Genome Methods2.1 Step1 Mapping reads to the genome2.2 Step2 Deal with spliced reads2.3 Step 3 Resolve individual transcripts and their expression levels 3 Align-de-novo approaches3.1 Step 1: Generat…
MIT 生物信息课程
youtube链接 Regulatory Genomics (Lecture 07): 这门课程介绍了基因调控的概念，涉及到基因的开启和关闭。这是生物信息学中的一个核心概念，对于理解整个生物网络至关重要。
Deep Learning for Regulatory Genomics (Lecture 08): 在了解了基因调控的基…
图神经网络和分子表征：3. 不变网络最后的辉煌
写这篇文章的时候已经是2023年的8月份，GNN for molecule property prediction 这个小领域正在变得火热起来，各大榜单被不断刷新，颇有当年 CNN 刷榜 imagenet 的势头。
由于对力、维里等性质有着内禀优势，当下高居榜首的模型毫无疑…
【生物信息】生物信息中High-Order高阶关系研究论文集锦（3）
生物信息中High-Order高阶关系研究论文集锦（3） 61. Signaling in Host-Associated Microbial Communities62. Spatial structure, cooperation and competition in biofilms63. Specialized Metabolites from the Microbiome in Health and Disease64. Synthetic Ecology of …
Kaggle 赛题解析 | AMP 帕金森进展预测
文章目录一、前言二、比赛说明1. Evaluation2. Timeline3. Prize4. Code Requirements三、数据说明四、总结🍉 CSDN 叶庭云：https://yetingyun.blog.csdn.net/ 一、前言
竞赛题目：AMP-Parkinson’s Disease Progression Prediction 竞赛地址…
基因家族分析及SCI写作技巧
详情点击链接：基因家族分析及SCI写作技巧 一，文献研读和方法
1.基因家族分析文献；
2.基因组学分析技巧；
3.生物信息大数据分析二，基因家族注释文件
1.候选基因下载方式；
2.文件解读&a…
【RNA folding】RNA折叠算法与生物物理约束
文章目录 RNA折叠RNA folding representation1 DP for simple folds1.1 Nussinov Algorithm objective1.2 energy constraints1.3 The key idea of the algorithm 2 DP for stacking and complex foldsStochastic context free grammars 来自Manolis Kellis教授（MIT…
分子生物学 第一章 概论
文章目录第一章 概论1.1.1分子生物学的概念以及发展简史1.2.1分子生物学研究概况第一章 概论
1.1.1分子生物学的概念以及发展简史 广义的定义： 在分子水平上解释生物学现象。 （难以与生物化学区分） 严格的定义： 在分子水平上研究…
小tips: add pub key to GitHub
这个是工作中经常用到的问题，每次都要搜索，所以现在总结在这里。
因为要同步github的代码，又不想每次clone都输入秘密
step1：检查现有ssh密钥
ls -al ~/.ssh
网站说明说哪一种密钥都可以
id_rsa.pubid_ecdsa.pubid_ed25519…
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1
ref: https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home
本文主要来自本课的讲义搜索内容。 Real-Time qRT-PCR
基于互补杂交反应（complementary hybridization reaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是&…
【生物信息】调控基因组学 (Regulatory Genomics) 和Deep CNN
文章目录 Regulatory GenomicsBiological motivation of Deep CNNMulti-task CNN 来自Manolis Kellis教授（MIT计算生物学主任）的课《人工智能与机器学习》 主要内容就是调控基因组学和深度卷积网络的结合 由于这部分在我学习的课程中内容很少，…
图文详解 VCF 生信格式 (变异信息)
文章目录 一、vcf 格式介绍二、vcf 资源文件三、vcf 文件详解3.1 主要字段3.2 INFO 中的常见信息3.3 FORMAT 和 SAMPLEs 中的信息 四、vcf 的记录模式4.1 只记录变异本身的信息4.2 记录个体或个体组织的变异信息4.3 记录群体或家系的变异信息 五、记录标准5.1 记录多核苷酸多样…
基因融合与癌症研究gene fusions in cancer
基因融合与癌症研究简历史（截止到2015年）
Major discoveries from research on gene fusions and cancer 主要肿瘤亚型涉及的基因融合数量
Number of gene fusions involved in major neoplasia subtypes 恶性疾病中基因融合相关FDA批准药物
FDA-approved drugs targeting…
练习--01--对fastq文件进行序列长度统计并绘图
主要实现对fastq文件中不同长度序列进行统计并绘制简单的直方图
详细可见代码说明及注释
#_*_coding:UTF-8_*_
"""
对fastq文件中的序列进行处理
1.获取序列的id和序列信息
2.统计每个id对应的序列的长度
3.对序列长度进行统计
"""
import os
…
Jupyter Notebook又一地理数据可视化扩展！
本次分享一个Jupyter Notebook地理数据可视化扩展：pyl7vp
pyl7vpPythonl7vp，如其名，是l7vp在Python3方向的封装，l7vp是蚂蚁集团AntV数据可视化团队开发的地理空间智能应用研发开源平台。
通过pyl7vp可在Jupyter Notebook中轻松完…
GWAS：plink进行meta分析
之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示：
plink --meta-analysis gwas1.plink gwas2.plink gwas3.plink logscale qt --meta-analysis-snp-field SNP --meta-analysis-chr-field CHR --me…